Относительно дальнейших событий есть две версии. Согласно одной (высказанной в отчёте Мэллесона и его подчинённого полковника Ч.Х. Эллиса), посланник Ашхабадского комитета, договорившись с Мэллесоном в Мешхеде о передаче комиссаров, прибавил: «Если ещё не поздно», пояснив, что Ашхабад мог уже решить расстрелять заключённых. Согласно другой версии, высказанной в 1956 г. в газете The Observer служившим под началом Мэллесона полковником У. Нэшом, он сам отнёс Мэллесону телеграмму из Ашхабада, где содержалась просьба посоветовать, что делать с комиссарами. Мэллесон якобы отвечал, что это внутреннее дело русских. Данную версию частично подтверждает посмертно изданный дневник Тиг-Джоунза.
На заседании Ашхабадского комитета его председатель Фунтиков объявил, что Мэллесон отказался принять заключённых и просил разобраться с ними на месте. Присутствовавшего при этом Тиг-Джоунза позднее обвиняли в том, что он не всё сделал для спасения комиссаров. Однако, похоже, ему просто не достало смелости спорить с закаспийским правительством по вопросу, который его по сути не касался, тем более что к Шаумяну и его товарищам он симпатии не питал.
Хладнокровное убийство бакинских комиссаров породило одну из революционных легенд, известных каждому советскому школьнику. Узнав о расстреле, Мэллесон по приказу своего правительства телеграфировал Ашхабадскому комитету протест. В Лондоне были недовольны, что потеряли потенциальных заложников. Впрочем, в переписке с властями Индии Мэллесон цинично отметил, что расстрел комиссаров' политически выгоден Британии, так как означает, что власти Ашхабада «сожгли мосты» в отношении большевиков.
В середине октября большевики неожиданно сами оставили Душак и следующий городок по железной дороге — Теджен, а затем и Мерв, отходя к Бухаре. Возможной причиной были распускаемые британцами слухи о готовящемся наступлении на Ташкент. 1 ноября англо-индийские и закаспийские войска заняли Мервский оазис без единого выстрела. Это обеспечило базары Ашхабада большим количеством мяса, зерна и другого продовольствия и позволило Фунтикову продержаться у власти ещё несколько месяцев.
Генерал Мэллесон был готов наступать вслед за большевиками до самого Ташкента. Однако, к его разочарованию, из Индии поступил приказ дальше Мерва не двигаться. Между тем на Западном фронте немцы отступали к линии Гинденбурга, в Палестине Алленби при поддержке арабской конницы шёл к Дамаску. Вскоре из Османской империи бежали младотурецкие триумвиры. В феврале 1919 r. Мэллесон получил приказ вернуться из Туркестана в Мешхед: война с Германией и Османами была окончена. Однако с целью оттянуть поражение союзников Британии — антибольшевистских сил в Закаспийской области — агенты Мэллесона распространили слух, будто намерение британцев уйти есть лишь маскировка настоящей цели, которая состоит во внезапном броске к позициям большевиков. До большевистских агентов довели соответствующие «документы». Иные из них были столь убедительны, что осели в архивах и использовались советскими историками. Большевики спешно готовились отступать.
Некоторые члены британского военного кабинета опасались, что до конца войны Британия не успеет оккупировать важные для неё районы Ближнего Востока, включая нефтяные месторождения близ Мосула. Поэтому командующий в Месопотамии генерал Маршалл получил приказ «занять столько нефтеносной территории, сколько возможно». 30 октября Османская империя подписала перемирие на борту военного корабля «Агамемнон». Это была безоговорочная капитуляция, позволившая Антанте оккупировать ключевые районы страны, включая Стамбул. 11 ноября капитулировала Германия.
Кайзер Вильгельм II нашёл убежище в Нидерландах и до смерти в 1941 г. жил на доходы с обширных имений в Германии, написал два тома мемуаров. Талаат осел в Берлине, где жил на скромную пенсию, пока весной 1921 г. не был застрелен на улице армянином, вся семья которого погибла в армянской резне. Джемаля убили два армянина в Тифлисе. Что касается Энвера, то он бежал в Берлин, а оттуда в Москву, где вступил в сделку со большевиками и отбыл в Среднюю Азию. Однако, прибыв туда, он перехитрил большевиков.
В первой половине 1920-х гг. в Средней Азии полыхало восстание басмачей. На пике движения под ружьём находилось до 20 тыс. человек, хотя многие были повстанцами не всё время: днём трудились как крестьяне, а ночью выступали партизанами. У движения не было единства и харизматического лидера. Как и у моджахедов Афганистана в 1980-е гг., между группами и лидерами басмачей существовало соперничество и недоверие; они происходили из разных племён и не имели политической программы. После ударов Фрунзе басмачи, вытесненные из городов и деревень Ферганской долины, сохранили опорные пункты в горах. Справиться с ними не удавалось, в связи с чем Ленин и привлёк к решению задачи бывшего правителя Османской империи Энвер-пашу, чтобы тот своим авторитетом перетянул мусульманское население от басмачей на сторону советской власти. Однако сделка была масштабнее. «Предложение Энвера Ленину… было гениально простым. Благодаря своей доблести одновременно солдата и революционера он собирался добыть для большевиков Британскую Индию в обмен на помощь в восстановлении его у власти в Турции, которая находилась теперь под контролем одного из его бывших полковников — Мустафа-паши, более известного сегодня как Кемаль Ата-тюрк. Энвер намеревался сперва захватить Китайский Туркестан и, выгнав оттуда китайцев, создать там мусульманскую республику в качестве базы. Оттуда (а не из Афганистана, как предлагал Рой) должна была быть развязана полномасштабная священная война против Британской Индии».